荧光定量PCR实验中常见问题

荧光定量PCR实验中常见问题
1、荧光定量PCR实验中无Ct值出现
(1)反应的循环数不够：一般要在35个循环以上，但是过多的循环次数可增加背景值。
(2)检测荧光信号的步骤有误：SYB-Rgreen法（SG法）采用的是72延伸时采集荧光信号，Taman法则是在退火结束或延伸结束时进行信号采集。
(3)引物或探针降解: 可通过PAGE电泳检测其完整性，若是电泳条带呈弥散状，可考虑重新合成引物或探针。
(4)模板量不足: 对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。
(5)模板降解: 避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。
(6)序列或者引物有误：检测样品中不含有待检测基因。
2、Ct值出现过晚（Ct>38）
(1)扩增效率低: 优化反应条件；设计更好的引物或探针；改用三步法进行反应等。
(2)模版降解或模版浓度太高。
(3)试剂灵敏度不好：更换更高灵敏度、抗干扰的试剂。
(4)检测基因结构复杂：高GC、复杂二级结构和长片段模版，都会影响PCR扩增。
(5)扩增产物太长: 一般采用80-150bp的产物长度。

3、溶解曲线不止一个主峰
(1)引物设计不够优化：应避免引物二聚体和非特异性扩增出现。
(2)同源性比较高：被检测基因在待检测样品有同源性较高的序列。
(3)模板有基因组的污染：RNA提取过程中避免基因组DNA的引入，或通过引物设计避免非特异扩增。
4、扩增效率低
（1）引物或探针不佳: 重新设计更好的引物和探针。
（2）反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。
（3）反应条件不够优化：可调整退火温度或改为三步扩增法。
（4）反应体系中有PCR反应抑制物：一般是加入模板时所引入，应先把模板适度稀释，再加入反应体系中，减少抑制物的影响。 　　
5、标准曲线线性关系不佳
（1）加样/稀释误差: 使得标准品不呈梯度。
（2）标准品出现降解: 应避免标准品反复冻融，或重新制备并稀释标准品。