在细胞培养的时候, 由于细胞代谢、物质交换、周边环境变化,尤其是在从37度培养箱中拿出来观察的过程中,由于液体培养基的比热较大,液内温度高于外界温度,造成冷热交换、小范围内形成液体流动加剧,当然这些小碎末就会被搅动起来形成似乎“游动”的感觉;随着细胞培养的继续,部分细胞开始衰亡,细胞膜结构破裂,破裂之后的细胞内容物泄露到培养液中。尤其是溶酶体的破坏,连续性地造成其他细胞和细胞器的损伤,如果换液不很勤,又会出现进一步破坏和残渣的出现;

再者,“小黑点”问题是很多细胞培养者已经发现的问题,但到目前为止尚未找到其监测和排除的试剂和手段,这首先是由于所谓“小黑点”病原体根本难以收集和捕捉, 这也从另一个侧面证明了“小黑点”问题的难以确定性;再说任何一种外来的微生物在培养基中都会有生命活动的反应和表现,而不是简单地运动那样的外观性表现。
有很多人发现类似小黑点的,但最后确定是真菌,二性霉素B对其有效。那说明小黑点不存在只是细胞培养中的真菌感染,还是说明小黑点属于真菌类污染物。如果小黑点是一种真菌,那么由此引起的污染是不会引起那么多人的关注,即使它很特殊。但是这不能排除那些认为“小黑点”是真菌的细胞者,看到的只是一般真菌感染。由于细胞被感染了,要进行拯救处理,不像理论上那么简单,稍有不注意都是很容易导致培养失败,所以小黑点是一种真菌也是不太可能。